Agraciado por la presencia del Señor Buda en su segunda visita a Sri Lanka, solo cinco años después de lograr la iluminación para hacer las paces entre dos reyes naga en guerra, Nagadeepa Purana Raja MahaViharaya se encuentra entre los dieciséis lugares de peregrinación budista más venerados de la isla.
El templo situado en la isla de Nagadeepa, que está a 30 km de Jaffna por carretera y otros 15 minutos en ferry, atrae a miles de peregrinos durante todo el año a pesar de su ubicación extrema. El camino desde Jaffna lleva a los viajeros hasta Pungudutivu y el ferry los transporta a Nagadeepa desde Jetty Kurikadduvan en el otro extremo de la isla Pungudutivu.
La gran crónica de Sri Lanka registra peregrinos del mundo budista que llegan a Nagadeepa en peregrinación a la estupa Rajayathana hasta el siglo I a. Sin embargo, la estupa fue construida hace casi 2700 años por los dos reyes naga Chulodara y Mahodara, cuya disputa sobre el trono dorado adornado con gemas fue resuelta pacíficamente por el Señor Buda en el día de la luna oscura en el mes de abril. En agradecimiento, el trono se ofreció al señor Buda, se devolvió a los reyes Naga y luego se consagró en la estupa Rajayathana.
La estupa fue repetidamente reconstruida y redecorada por los reyes Devanampiyatissa, Dutugamunu, Saddatissa, Dhatusena y muchos más, y fue un templo floreciente hasta que fue saqueada repetidamente por los reyes provinciales tamiles y portugueses durante el siglo XVII. El templo fue olvidado con el tiempo hasta que fue desenterrado y reconstruido en 1941. La Stupa fue reconstruida y el templo reconstruido cuando el flujo de peregrinos de 30 años se detuvo nuevamente. El templo también recibió la peor parte de la guerra y la principal estatua de Buda del templo, un regalo de Birmania, fue desmantelada y arrojada al mar.
Sin embargo, el final de la guerra revivió la peregrinación a Nagadeepa y el templo y sus alrededores están floreciendo bajo el patrocinio de los visitantes y el ejército de Sri Lanka.
Hoy en día hay dos salas de santuarios en las instalaciones de Viharaya. La sala del santuario principal está situada detrás de la estupa Rajayathana y está construida con la arquitectura tradicional de Jaffna. La segunda sala del santuario es más pequeña que la sala del santuario principal y en ella se encuentra la estatua del Buda de bronce regalada por el gobierno birmano. En el lado opuesto del templo y fuera de la carretera se encuentra el antiguo Árbol Bodhi, uno de los más antiguos de la isla.
La paz recién amanecida había revivido este terreno sagrado en el que se evitó una guerra y el ser humano más grande hizo la paz hace casi tres milenios.